对于口蹄疫灭活疫苗,现有的安全性标准是非常严格的。为什么在临床免疫中经常出现严重不良反应?可能的原因是临床反映的不良反应数据往往有人为夸大因素；另一原因是疫苗不良反应,主要分为两类:一类是由于疫苗抗原液中污染的内毒素以及佐剂中的杂质引起的非特异性反应,另一类是由于动物个体的免疫水平或过敏体质引起的特异性过敏反应。

现有的安全检验方法和标准可以排除由疫苗本身质量问题导致的不良反应,而对于第二类因素导致的不良反应现标准难以排除。大部分动物经多年多次疫苗接种,使其处于免疫状态,有的动物还处在高免状态,再次疫苗接种时可能诱发严重的特异性过敏反应。要防止这种不良反应只有结合免疫检测,实行差别免疫,即在疫苗接种前测定口蹄疫抗体效价,对于处于高免状态的动物推迟接种疫苗；或备好抗过敏药品,对于出现过敏反应的动物进行紧急救治。

在国内目前生产口蹄疫灭活疫苗的生产企业有六家,分别是中牧股份兰州生物药品厂、兰州兽医研究所中农威特公司、金宇保灵生物药品有限公司、新疆天康畜牧科技有限公司、乾元浩保山疫苗厂及上海申联生物制品有限公司。其中上海申联生物制品有限公司目前仅生产猪口蹄疫合成肽疫苗。